IA2
Datos del servicio
Ubicación: Campus Veterinaria
PCR Digital
Contacto: Mª Jesús Serrano / Clementina Rodellar
Teléfono: 976 76 28 30 / 976 76 16 20
E mail: mjserran@unizar.es / rodellar@unizar.es
Descripción:
El servicio de PCR digital proporciona el equipamiento e infraestructura necesaria para la detección y cuantificación absoluta de ácidos nucleicos mediante la técnica analítica de PCR digital (dPCR), con gran precisión y sensibilidad.
Para ello, este servicio está basado en una plataforma dPCR: QuantStudio™ 3D Digital PCR System (QS3D CORE SYST; CHIPS- MMX V2), que funciona mediante la partición de una muestra de ADN o ADNc en numerosas reacciones de PCR individuales en paralelo, conteniendo algunas de estas reacciones la molécula objetivo (positivo), mientras que otras no la contienen (negativo). Permite que una sola molécula se pueda amplificar como mínimo un millón de veces, y para ello, se utiliza la química TaqMan® con sondas marcadas con fluorocromos. Tras el análisis de PCR, la fracción de reacciones negativas es utilizada para generar un recuento absoluto del número de moléculas de la muestra, sin necesidad de recurrir a estándares ni controles endógenos.
El uso de un chip nanofluídico proporciona un mecanismo para ejecutar miles de reacciones de PCR en paralelo. Cada uno de los pocillos está cargado con una mezcla de muestra, master mix y reactivos de ensayo TaqMan®, y se analiza individualmente para detectar la presencia (positivo) o ausencia (negativo) de una señal de criterio de valoración. Para representar los pocillos que pueden haber recibido más de una molécula de la secuencia objetivo, se aplica un factor de corrección mediante el modelo de Poisson.
Ventajas de la PCR digital:
No es necesario depender de referencias o estándares.
Determinación absoluta y precisa del número de copias.
La eficiencia de la reacción influye menos en el resultado que en la qPCR.
Alta tolerancia a los inhibidores y capacidad para analizar mezclas complejas.
Detección lineal de pequeños cambios de expresión.
Sectores de interés:
Laboratorios de genética y del sector sanitario, incluidos hospitales.
Laboratorios del sector agroalimentario.
Laboratorios de análisis medio ambientales.
Prestaciones
Este servicio oferta las siguientes prestaciones:
Cuantificación absoluta de ácidos nucleicos sin curva patrón
Estudios de expresión génica
Detección y cuantificación de patógenos
Detección de especies en alimentos
Detección de GMOs
Detección de alelos raros
Generar estándares de referencia absoluta para mediciones genéticas.
Extracción de ácidos nucleicos
Contacto: Mª Jesús Serrano / Luis Vicente Monteagudo / Joaquín Quílez
Teléfono: 976 76 28 30 / 876 55 42 06 / 976 76 21 50
E mail: mjserran@unizar.es / monteagu@unizar.es / jquilez@unizar.es
Descripción
Extracción de ácidos nucleicos mediante partículas magnéticas usando el equipo King FisherTM Duo Prime.
Prestaciones
Extracción de ácidos nucleicos utilizando la tecnología avanzada automática de partículas magnéticas con el sistema de purificación KingFisher™ Duo Prime. Permite la extracción con máxima pureza y rapidez de ADN, ARN obtenido desde una amplia variedad de muestras, incluyendo fluidos, sangre, bacterias, cultivos celulares y muestras de tejidos, y plantas.
La utilización del kit de aislamiento de ácidos nucleicos MagMAX™ Total Nucleic Acid Isolation Kit permite el máximo rendimiento. Basado en gránulos paramagnéticos microsféricos de circón y lisis química, es idóneo para favorecer la disrupción mecánica de patógenos difíciles de lisar o de muestras cuya estructura celular o tisular complique esta tarea. El material purificado obtenido permite ser utilizado en posteriores aplicaciones como Northern Blotting, PCR, Real-Time Quantitative PCR (qPCR), Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) y Southern Blotting.
Sectores de interés:
Laboratorios de Biología Molecular
Laboratorios de Genética
En definitiva, laboratorios que extraigan ácidos nucleicos con cualquier fin
Equipamiento
King FisherTM Duo Prime
Bead Beater
Electroforesis en Gel de Campos Pulsados (PFGE)
Contacto: Mª Jesús Serrano / Carmina Rota / Pilar Conchello
Teléfono: 976 76 28 30 / 876 55 41 44
Email: mjserran@unizar.es / crota@unizar.es / conchell@unizar.es
Descripción
El servicio de Electroforesis en Gel de Campos Pulsados (PFGE) proporciona el equipamiento e infraestructura necesaria para la caracterización molecular de microorganismos mediante esta técnica de biología molecular.
Para ello se cuenta con el equipo de electroforesis CHEF-DR® III System (BIO-RAD) que, gracias a la tecnología Clamped Homogenous Electrical Field (CHEF) y Dynamic Regulation (DR) permite separación de fragmentos de ADN rápida, reproducible y de alta resolución, en el rango de <50 Kp-2 Mb. La sistemática de funcionamiento de la PFGE consiste en alternar el campo eléctrico entre pares de electrodos espacialmente distintos, lo que propicia que moléculas de ADN de tamaño elevado (Mb) se reorienten y se trasladen a diferentes velocidades a través del gel de agarosa.
En el campo de la Seguridad Alimentaria, permite llevar a cabo la caracterización genética de aislados microbianos, siendo idóneo para estudios epidemiológicos de patógenos de origen alimentario.
Sectores de interés:
Servicios y laboratorios de seguridad alimentaria
Servicios y laboratorios de control de calidad de alimentos
Servicios y laboratorios de salud pública
Servicios y laboratorios de epidemiología molecular
Servicios de genómica
Equipamiento
CHEF-DR® III System (BIO-RAD)
DCODETM (BIO-RAD)
Servicio de identificación microbiana y de evaluación de la sensibilidad antibiótica
Contacto: Mª Jesús Serrano / Raúl Mainar
Teléfono: 976 76 28 30 / 976 76 20 88
Email: mjserran@unizar.es / rcmainar@unizar.es
Descripción
El Servicio de identificación microbiana y de evaluación de la sensibilidad antibiótica proporciona tanto el equipamiento como los profesionales necesarios para la identificación microbiológica y estudio de resistencias a antimicrobianos mediante el equipo Vitek®2 Compact. Este equipo, capaz de identificar y evaluar la resistencia microbiana de forma rápida y precisa, se ofrece como un nuevo servicio científico-técnico disponible no sólo para la comunidad investigadora sino abierto a usuarios externos. Las prestaciones incluidas en el servicio incluyen desde el aislamiento de las cepas a estudiar, a su identificación posterior y el estudio de resistencias de los aislados frente a un amplio rango de compuestos antimicrobianos mediante determinación de las Concentraciones Mínimas Inhibitorias (CMIs).
Ámbitos de aplicabilidad de la técnica:
Gestión de infecciones bacterianas
Gestión de resistencias antimicrobiana en diversos ámbitos
Identificación bacteriana
Pruebas de sensibilidad antibiótica
Detección de resistencias específicas
Estudio de infecciones fúngicas.
Prestaciones
Preparación previa de la muestra: Aislamiento de los microorganismos a estudiar. Prestación realizada por el Servicio de Análisis Microbiológico del Servicio General de Apoyo a la Investigación – SAI.
Identificación microbiana: VITEK. Prestación realizada por el Instituto Agroalimentario de Aragón – IA2.
Realización de análisis de susceptibilidad antimicrobiana (Concentración Mínima Inhibitoria): VITEK. Prestación realizada por el Instituto Agroalimentario de Aragón – IA2.
Modalidades de prestación del servicio:
Estas prestaciones pueden ser llevadas a cabo por personal del Instituto, aunque también se ofrece la posibilidad de autoservicio (sólo disponible para solicitudes de carácter interno). En este último caso, será el usuario quien se encargue de llevar a cabo las analíticas, siempre bajo la supervisión de un miembro del SCT. El autoservicio no incluye el material fungible, que deberá ser adquirido por el usuario.
Equipamiento
Vitek®2 Compact, BioMérieux
- Casete de Vitek 2 Compact
Secado por atomización, encapsulación y medición de partículas
Contacto: Mª Jesús serrano Andrés
Teléfono: 976 76 28 30
E mail: mjserran@unizar.es
Descripción
Secado de alimentos y otros productos por atomización, microencapsulación de productos y medición del tamaño de partícula por difracción láser.
Prestaciones
Secado por atomización/nanoencapsulación
Microencapsulación
Medición del tamaño de partícula por difracción láser en vía seca
Medición del tamaño de partícula por difracción láser en vía líquida
Equipamiento
Mini Spray Dryer BÜCHI B-290
Encapsulador BÜCHI B-395PRO
Mastersizer 3000E Malvern Panalyical
Ámbitos de Aplicabilidad de la Técnica
Debido a la versatilidad de las prestaciones ofertadas, este servicio puede resultar de utilidad para gran parte de los grupos y líneas de investigación tanto del IA2, como de otros organismos públicos de investigación e incluso empresas.
La prestación 1 tiene por objetivo eliminar el contenido acuoso de los productos mediante una técnica de secado rápida, que dañe mínimamente los compuestos de interés, por lo que puede ser empleado en el procesado de un amplio rango de productos, incluidos alimentos. Además, se puede emplear para microencapsular ciertos productos preservando sus propiedades (compuestos funcionales, microbiota fermentadora, proteínas, etc.), dando lugar a encapsulados secos de 2-25 µm. Ejemplos: secado de leche, almidón de maíz, tintes, etc. y encapsulación de probióticos, compuestos funcionales y otros.
La prestación 2 permite generar perlas y encapsular líquidos dando lugar a esferas del tamaño de 150 µm – 4 mm, funcionalidad muy utilizada en la industria alimentaria, farmacéutica, nutracéutica, etc. Aplicaciones:
Encapsulación de aceites
Encapsulación de probióticos
Tratamiento de Helicobacter pylori
Incremento supervivencia a nivel intestinal
Encapsulación de polímeros
Cápsulas para cosmética
Conservación de espermatozoides de origen animal
Terapia con células (por ejemplo, de células madre en tratamiento de osteoartritis)
Las prestaciones 3 y 4 completan a las dos anteriores, ya que permiten medir de forma exacta el tamaño de partícula, tanto de aquellas suspendidas en medio líquido como de partículas en seco. Además, puede ser directamente de utilidad para otros grupos de investigación que sin necesidad de utilizar las prestaciones 1 y 2, puedan requerir la medida del tamaño de partícula de un determinado producto e incluso el tamaño celular de células eucariotas y muchas procariotas en el curso de su investigación.
Aplicaciones:
Media en vía seca: para materiales pulverulentos con tamaño de partícula comprendido entre 0,1 -1000 µm
Medida en vía líquida: para dispersiones y emulsiones con tamaño de partícula comprendido entre 0,1 – 200 µm.
Modalidades de prestación del servicio:
Las prestaciones 1 y 2 pueden ser llevadas a cabo por personal del Instituto, aunque también se ofrece la posibilidad de autoservicio (sólo disponible para solicitudes de carácter interno y personal que haya recibido la formación necesaria). Se prevé incluir una nueva prestación que comprenda la formación básica de manejo del equipamiento en modalidad autoservicio dirigida a personal interno que quiera hacer uso en modalidad autoservicio.
En el caso de la modalidad autoservicio, será el usuario quien se encargue de llevar a cabo las analíticas, siempre bajo la supervisión de un miembro del SCT. El autoservicio no incluye el material fungible, que deberá ser adquirido por el usuario.
Imagen 1. Spray Dryer Büchi B-290
Imagen 2. Encapsulador Büchi B-395 pro.
Imagen 3. Master Sizer 3000E Malvern Panalytical
